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黄传龙 CADD谈药 2022-04-26
Array BioPharma,因为近几年有好几个它参与或主导的靶向药,进入临床或者获批,而令人印象深刻。
维基百科上关于它的介绍很短,一家位于美国科罗拉多Boulder的聚焦于抗肿瘤领域的Biotech,成立于1998年,2000年IPO,2019年以114亿美元被Pfizer收购


前些天简单介绍Relay公司的计算平台,后台有留言说是否写下Array公司,Array当然也是令人颇感兴趣的,但其(是否)有什么特殊的技术平台还真不清楚,目前其官网似乎不能登录了,也没搜索到相关的技术平台介绍,仅就看到的信息作一分享。


图1是辉瑞19年的presentation (右侧红字是个人添加),列举了一些Array的获批或在研项目,列举不很全,可能是辉瑞觉得更有价值的项目。

包括5个上市药(6个上市分子,BRAFi跟MEKi是组合使用),其中18年上市2个,2000年上市3个,感觉是很不错的成绩,难怪辉瑞会说Highly Productive。此外,还有处于临床的,包括往期介绍过的大环分子LOXO-195,以及近两年炙手可热的KRAS G12C分子MRTX849


不过这些分子倒也不是Array一人之功,Array一个特点是把分子license out出去,省了后续开发的劲,不过也让人有点替他惋惜、有些不错的分子自己推上市回报一定更大得多。图1表格第二列就是Partner或者Licensee,RETi那个,当时的Partner/Licensee应该是Loxo Oncology,后来Loxo被礼来收购。

图1  Array公司主要管线 (摘自辉瑞presentation)


图2是个人整理的Array公司的主要分子,对应图1中的管线,其中前两个分子是combo。另外如前所述,这些分子并非Array一人之功,多数分子后期开发是其它公司在做。
都是些小分子靶向药,且除最后一个KRASi,余下都是激酶抑制剂 (插一句,有人称KRASi为激酶抑制剂,个人觉得此说法欠妥),但也都各有特色。下面挑其中3个分子,结合其结合模式,简单介绍下。

图2  图1管线对应的分子结构


图3是MEK抑制剂Selumetinib。左侧是其结合MEK1的晶体结构(4U7Z),这是个type Ⅲ变构分子 (目前获批的MEK抑制剂都是这类变构分子,目前获批的变构激酶抑制剂也只有MEKi,了解更多可以参见激酶变构抑制剂(分类)简介),左侧绿色分子即是ATP(类似物)。
Selumetinib的吡唑N、羰基及羟基,都与蛋白有HB(黑色虚线),苯环与DFG的F有个pi-stacking,高亮标出的是Br形成的卤键(Halogen bond),算是这类分子较特殊的一个相互作用,此外还有疏水作用等。

图3  结合模式截图Selumetinib/MEK1


图4是下一代的TRKi大环分子LOXO-195,前面大环 -- LOXO-195 & TPX-0005有过介绍,这里不详述。该分子未查到公开的晶体结构,图示是个人自制的model。

图4  结合模式截图LOXO-195/TRKA


图5是转让给Genentech的AKT抑制剂Ipatasertib,目前处于临床阶段。这个分子主要hinge-binding是左侧嘧啶N,另一个hinge-HB由脂环上羟基形成(高亮处),这个相对较为少见。右下角氨基与两侧谷氨酸各形成盐桥作用,手性甲基、苯环等处有疏水作用,等。

图5  结合模式截图Ipatasertib/AKT1


最后,Array作为一个不大的公司(不到300人)、何以如此成果丰硕呢,他们有什么独门的技术平台吗?很遗憾,未能查到更多信息。图6是Pfizer对其Boulder研发中心的介绍,从中也许可以略窥一斑,因为这个研发中心大概就是Array衍变来的。
可以看看他们的Key Technologies,两个与CADD相关(黄色高亮),一个是结构与计算生物学,猜测主要是解结构、为CADD提供基础,一个是计算化学,在药企计算化学跟CADD基本是等同概念。
其它包括分析化学、蛋白组学等,奇怪是没有合成、药化,也有可能是觉得这是药企必备、就没有列出来罢。

图6  Array衍变来的Boulder研发中心


看起来也未有明显的独门绝技,似乎比较注重基于结构的药物设计,但更重要的也许是将已有的技术善用之,充分发挥各自的作用罢。

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